ABD’deki New England Biolabs (NEB) ve Yale Üniversitesi’nden bilim insanları, Pseudomonas aeruginosa adlı antibiyotiğe dirençli bakteriyi hedef alan ilk tamamen sentetik faj mühendisliği sistemini tanıttı.
Bakteriyofaj olarak bilinen bu virüsler, bakteriyel enfeksiyonların tedavisinde bir yüzyıldan uzun süredir kullanılıyor.
Ekip, bu yöntemle 28 sentetik DNA parçasından bir P. aeruginosa fajı oluşturdu. Daha sonra virüsün DNA’sında nokta mutasyonları, ekleme ve silme işlemleri yaparak şu değişiklikleri gerçekleştirdi:
Virüsün hangi bakterileri enfekte edebileceğini değiştirdiler.
Kuyruk liflerini kodlayan genleri değiştirerek hedef bakteriyi yeniden belirlediler.
Enfeksiyonun gerçek zamanlı izlenmesini sağlayan floresan işaretleyiciler eklediler.
Araştırmanın ortak baş yazarlarından Andy Sikkema, faj mühendisliğinin bugüne kadar son derece emek yoğun bir süreç olduğunu belirterek, “Bu sentetik yöntem, basitlik, güvenlik ve hız açısından büyük bir sıçrama sağlıyor” dedi.
Golden Gate yöntemi neden önemli?
Bu teknik, DNA’yı daha kısa parçalardan birleştirerek çalışıyor. Bu sayede:
DNA parçalarını hazırlamak daha kolay oluyor.
Hücreler için daha az zararlı oluyor.
Hata riski azalıyor.
Tekrarlayan diziler ve yüksek GC oranı gibi zor genom özellikleri daha rahat işlenebiliyor.
Sonuç olarak, bu yöntem faj mühendisliğini hem daha hızlı hem de daha esnek hâle getirerek antibiyotik direncine karşı geliştirilecek biyolojik çözümlerin kapsamını genişletiyor.
Ortak çalışmalar yeni uygulamaların yolunu açtı
Yöntem önce iyi bilinen E. coli fajı T7 üzerinde test edildi, ardından antibiyotiğe dirençli bakterileri hedefleyen daha karmaşık fajlara uygulandı.
